2005年10月11日
22:15—22:17 航天员进入飞船
22:53 神舟六号载人飞船返回舱舱门关闭
2005年10月12日
00:27 火箭发射塔操作支架完全打开
01:00:00 长征二号F型火箭点火
01:00:03.583 神舟六号载人飞船发射
01:02:03（点火后第120秒） 火箭抛弃逃逸塔
01:02:19（点火后第136秒） 火箭助推器分离
01:02:42（点火后第159秒） 火箭一二级分离，一级火箭坠落
01:03:23（点火后第200秒） 整流罩在110公里高度脱离
01:09:43（点火后第583秒） 飞船与火箭在高度约200公里处分离成功
01:09:52 神舟六号载人飞船进入预定轨道
07:56 神舟六号载人飞船实施变轨
2005年10月13日
02:10 航天员进行在轨抗干扰试验
18:21 远望一号、远望二号和远望三号所处海域海况恶化
21:56 神舟六号载人飞船进行变轨后的首次轨道维持
2005年10月15日
08:29—08:31 航天员与中华人民共和国主席胡锦涛对话。
2005年10月16日
18:40 神舟六号载人飞船围绕地球进入第76圈飞行，在青岛站测控区上空
18:44 神舟六号载人飞船返回指令解锁
19:10 北京航天飞控中心调度员宣布，返回段跟踪进入30分钟准备
19:17 神舟六号载人飞船正在南太平洋上空飞行
19:18 推进舱太阳帆板垂直归零
19:42 远望三号测量船捕获到神舟六号信号
19:43—19:48 远望三号测量船对神舟六号实施了姿态调整、轨道舱与返回航分离、制动点火等一系列关键控制，神舟六号载人飞船顺利进入预定返回轨道
19:43 远望三号向神舟六号载人飞船发出指令，飞船第一次调姿开始
19:44 轨道舱与返回舱成功分离
19:45 推进舱发动机点火，开始回航
19:48:29 推进舱轨道控制发动机关机，飞出远望三号测量船测控段
19:52 返回舱飞过非洲大陆上空，向中国飞来
20:02 返回舱飞过南亚上空，航天员报告飞船工作正常，感觉良好
20:07 推进舱与返回舱成功分离
20:13 返回舱进入通讯黑障区
20:16 着陆场站测控设备发现飞船
20:19 返回舱主伞舱盖打开
20:20 脱减速伞，主伞打开，直升机目视到目标
20:23 返回舱防热大底成功抛掉
20:33 返回舱成功着陆
21:04 返回舱舱门被打开
21:39 两名航天员费俊龙和聂海胜离开返回舱
22:15—22:17 航天员进入飞船
22:53 神舟六号载人飞船返回舱舱门关闭
2005年10月12日
00:27 火箭发射塔操作支架完全打开
01:00:00 长征二号F型火箭点火
01:00:03.583 神舟六号载人飞船发射
01:02:03（点火后第120秒） 火箭抛弃逃逸塔
01:02:19（点火后第136秒） 火箭助推器分离
01:02:42（点火后第159秒） 火箭一二级分离，一级火箭坠落
01:03:23（点火后第200秒） 整流罩在110公里高度脱离
01:09:43（点火后第583秒） 飞船与火箭在高度约200公里处分离成功
01:09:52 神舟六号载人飞船进入预定轨道
07:56 神舟六号载人飞船实施变轨
2005年10月13日
02:10 航天员进行在轨抗干扰试验
18:21 远望一号、远望二号和远望三号所处海域海况恶化
21:56 神舟六号载人飞船进行变轨后的首次轨道维持
2005年10月15日
08:29—08:31 航天员与中华人民共和国主席胡锦涛对话。
2005年10月16日
18:40 神舟六号载人飞船围绕地球进入第76圈飞行，在青岛站测控区上空
18:44 神舟六号载人飞船返回指令解锁
19:10 北京航天飞控中心调度员宣布，返回段跟踪进入30分钟准备
19:17 神舟六号载人飞船正在南太平洋上空飞行
19:18 推进舱太阳帆板垂直归零
19:42 远望三号测量船捕获到神舟六号信号
19:43—19:48 远望三号测量船对神舟六号实施了姿态调整、轨道舱与返回航分离、制动点火等一系列关键控制，神舟六号载人飞船顺利进入预定返回轨道
19:43 远望三号向神舟六号载人飞船发出指令，飞船第一次调姿开始
19:44 轨道舱与返回舱成功分离
19:45 推进舱发动机点火，开始回航
19:48:29 推进舱轨道控制发动机关机，飞出远望三号测量船测控段
19:52 返回舱飞过非洲大陆上空，向中国飞来
20:02 返回舱飞过南亚上空，航天员报告飞船工作正常，感觉良好
20:07 推进舱与返回舱成功分离
20:13 返回舱进入通讯黑障区
20:16 着陆场站测控设备发现飞船
20:19 返回舱主伞舱盖打开
20:20 脱减速伞，主伞打开，直升机目视到目标
20:23 返回舱防热大底成功抛掉
20:33 返回舱成功着陆
21:04 返回舱舱门被打开
21:39 两名航天员费俊龙和聂海胜离开返回舱
