台湾媒体对“神舟”五号发射成功比较关注，东森、中视等岛内主要电视台早在“神舟”五号发射前，就进行了相关报道，并着手准备了大量的背景资料；从2003年10月15日清晨开始，它们几乎与祖国大陆同步报道了“神舟”五号发射的壮观场面；16日清晨，又反复播放“神舟”五号太空舱顺利着陆、大陆第一位太空人杨利伟走出太空舱的画面以及大陆热烈欢迎、庆祝成功的场面。台湾各家电视台强调中国第一名太空人杨利伟如何受到高规格的待遇，包括净空隔离防止感染，以及在发射前，由于身上的太空衣太重，允许他单独坐着与中国国家主席胡锦涛对话。台湾TVBS称，这是大陆第一次成功载人上太空，也象征着大陆太空工程迈进一大步。
　　《中时晚报》与《联合晚报》2003年10月15日都以头版头条报道“神舟”五号飞船发射成功的消息，并刊登杨利伟和“神舟”五号的照片。报道强调中国是继苏联和美国之后，第三个能载人到太空飞行的国家。《中国时报》和《联合报》等主流媒体还以“焦点新闻”和“专辑”等方式，详细报道了“神舟”五号升空、顺利着陆的消息，过程及背景资料，详细介绍了杨利伟的个人简历及其训练、生活情况。
　　《东森新闻网》、《中时电子报》和《联合新闻网》等几家大型电子媒体还发挥时效性强和更新快的优势，在头版头条位置，以专辑、专版、套红大标题等方式进行全方位报道，不断更新内容。其中《东森新闻网》的大标题是《”神舟”五号升空了》；TVBS套红大标题是《神舟升空，全球瞩目》。《联合新闻网》除连续报道“神舟”五号的消息，介绍其构造、性能外，还特别报道了焦点人物杨利伟，包括其训练、生活和爱好等。
　　在全面报道“神舟”五号圆满成功消息的同时，岛内媒体还高度评价大陆载人飞行的重大意义。《联合报》连续发表了多篇社论与分析文章，认为“神舟”五号“实现了中国人的太空梦和强国梦”，是大陆首次发射人造卫星以来“最重大的航天科技进程，隐含重大的军事、政治和经济意义”；同时它还是亚洲国家首度跻身现代太空科技前列，因而也是“亚洲的胜利”。《中国时报》指出，对两岸人民而言，中国千年飞天神话变为现实，更主要的是“中国人打破了原苏联、美国在太空领域独领风骚的局面”。
　　岛内媒体还希望台湾当局采取措施，加强两岸在太空科技及太空农业领域的交流与合作。《中国时报》和《联合报》在相关专栏里报道了“神舟”五号搭载36种“具有农业研究价值”的台湾种子遨游太空的消息，认为此举“对开启两岸太空农业合作，具有重要意义”。台湾成功大学航太系教授景鸿鑫认为，太空科技是地球上最尖端的科技。他呼吁“两岸合作从太空领域开始”，借大陆不久即将发射“神舟”六号的机会，让台湾的大中学生到太空舱做实验，“为两岸建立良好的气氛，化解敌意，应是台湾可以思考的下一步”。
　　媒体在盛赞大陆的同时，对台湾向下沉沦以及由此与大陆形成的强大落差而深表忧虑。《联合报》系旗下的《民生报》以《太空梦与新宪大戏》为题发表社论，认为“太空梦”需要极大的智慧和毅力才能完成，带给人民莫大的激励和信心，而陈水扁的所谓“制定新宪法”只是少数政治人物的想像，察觉不到民众有什么振奋和鼓舞。《中时晚报》和《中华日报》载文指出，大陆航天科技令人刮目相看，而台湾的“高价鱼雷”试射却频频出事；更严重的是，陈水扁为连任搞内斗，导致严重内耗，“看看大陆，想想台湾，一边向上提升，一边向下沉沦，能不让我们感到忧心吗？”《中国时报》2003年10月17日发表社论，以《审慎应因“太空竞赛”时代的战略思维》为题，呼吁政府在未来的防卫战略上，不能忽略“太空”这个度向的思考。
　　台湾媒体还认为军事效应不容忽视。台湾《东森新闻》报道，“神舟”五号飞船的成功发射代表大陆整体航天技术已取得惊人的发展，在军事方面的效应也引起广泛的注意，除了搭载太空人意味着拥有更精确的科技能力外，其所进行的侦测任务也同样让人关注。另外，“神舟”五号轨道舱装有成像光谱仪，可对扫描地区进行长期跟踪调查，台湾全岛海岸线完全在其涵盖里面，其性能和侦察卫星相当。“大陆对台湾的威胁将不再限于安置在沿海专门瞄准台湾的有形武器。” 台湾传媒呼吁“国防部”、“国安局”及“科技部”3部门关注中国“神舟”计划的发展，以防中国藉此对台湾海峡全岛进行“情报、监视及侦察”行动。
　　还有一些媒体认为中国发射“神舟”五号是向全世界炫耀其太空科技前途无可限量。台北某研究员发表的一篇文章称，中国发射“神舟”五号旨在建立有自主权的太空卫星“星网”，以抢占美国现有的信息战“制高点”，是向美国太空挑战的第一步。文章还说，一旦中国于2005年完成第二代的“星网”架设，恐将结合“神舟”计划的载人太空船成为全球性的空中间谍网，所以呼吁各国勿对中国的太空技术掉以轻心。